名門・彩雲学園で次々と浮かび上がる不可解な暗号。それは3ヶ月前に失踪した天才少女が残した最後の謎と、不気味なほど酷似していた。
代々、特殊な才能を持つ七人が選ばれ、学園の闇を解き明かしてきた秘密の「暗号倶楽部」。その再建を託された新部長の霧島葵は、距離を置いていた幼なじみの前部長、桜井陸と共に真実への一歩を踏み出す。
白熱する生徒会選挙、謎めいた転校生の出現、そして学園が守り続けた150年の歴史。すべての謎を結ぶ鍵は、失踪した少女が遺した暗号の中にあった——。伝統と秘密に彩られた学園を舞台に、若者たちの友情と謎解きが織りなす青春ミステリー。