異世界より表れたウェネフィクスという敵に殺された九頭竜勇気は次に目が覚めたのは空の上だった。 そこでエンティスと名乗る少年に出会い、異世界フォルティスの話を聞く。 エンティスは2つの選択肢を勇気に与えた。フォルティスへ行く道か輪廻の輪に戻る道。 勇気はフォルティスへ行くことを決め、エンティスから力とブレイブストーンと呼ばれる力を宿した石を授かる。 仲間を探し敵を討つべく、勇気の冒険が始まった。

2369年、人類は新たに進化し『gift』と呼ばれる能力を得た。 これを悪事に使うもの、善行につかうもの、様々いた。 能力を用いた事件を減らすべく、政府は1つの政策に打って出た。 神天賦学園(しんてんぶがくえん)の創設。 能力を使って悪事を働くものは減少したが、無くなったわけではなかった。 普天中学校に通う神宮新(じんぐうあらた)はgiftを持たないが、ひょんなことから神天賦学園に興味を持つ。 入学試験の面接時に全知全能(ゼウス)と呼ばれる薬を渡され、giftを得る。 giftを得た新は神天賦学園へと入学し、様々な出会いがある。

パンドラ・オンライン 株式会社ノアにより発売された近未来の技術VRMMOを用いたオンラインゲーム。 始めはクローズドβテスターとして参加する主人公神椥アギトとその親友大道寺大河。 固有種族はシステムにランダムに決められ2人はそれぞれエルフ族、人狼となった。 設定が終了するとともにオペレーターの女性は 『生き残りたければこのクローズドβテスト中にできる限り強くなってください。』 と、意味深な言葉を残し始まりの地へと転送される。 テスト終了後、妹である神椥このはと共に正式サービスに入り、テスター時代の能力を引き継ぎ順調にプレイできているように思えたが、自分を神と名乗るゲームマスターによってデスゲームと化す。 パンドラの箱の神話を元に、すべてのプレーヤーが人間族に落とされた。 アギト、大河、このははこのデスゲームを攻略するべく動き出した。