遥か昔、世界は「エイドス」と呼ばれる巨大な結晶によって支えられていた。エイドスは自然の調和を保ち、人々に魔力と繁栄をもたらす存在だった。しかし、ある日、エイドスが砕け散り、その欠片が世界中に飛び散ったことで大地は荒廃し、空は闇に閉ざされ、人々は魔力を失った。
砕けたエイドスの欠片は「エーテル」と呼ばれる力を宿し、それを持つ者には強大な力を与えるが、同時に心を蝕む呪いをもたらす。
物語の舞台は、エイドス崩壊から 300年後の世界「セレスティア」。人々はエーテルの力を巡って争い、国家や秘密結社が覇権を握ろうと暗躍する中、主人公たちは「世界でただ一人、エイドスを再び一つにできる存在」を探す旅に出る。