広大な海を駆ける伝説の海賊団 “ノクターン海賊団”。 ヴァネッサ・レオンハルト率いる彼らは、腐敗した国家を相手に戦い、自由を求めて海を駆ける無敵の戦士たちだった。 しかし、ある日——突如として発生した異常な嵐に飛び込み、気がついた時には見知らぬ世界にいた。 そこは、魔法が存在しないはずの世界——だが、異世界と変わらぬモンスターが跋扈し、人々は恐怖に震えていた。 異世界で戦い続けてきた彼らにとって、モンスターは大した敵ではない。 だが、見たこともない“鉄の箱”が走り、人々は銃と呼ばれる道具で戦うこの世界に、ヴァネッサたちは少しばかり興味を惹かれる。 そして、彼らの戦いを目撃してしまった少年 藤崎 祐真。 家族を殺され、絶望の中にいた彼は、ヴァネッサたちの圧倒的な強さを目にし、縋るように願った。 かつての因縁が絡み合い、モンスターの襲撃と共にこの世界を支配しようとする覇王の陰謀が明らかになっていく。 これは——異世界最強の海賊たちが、新たな世界で暴れ回る物語。戦いを楽しみ、自由を求め、人を導き、誰にも縛られずに生きるために——ノクターンは、再び戦乱の海へと乗り出していく。