妄想癖のある主人公「俺」は私立高校である双葉学園に入学することになる。入学して早々に妙な噂を耳にする。「学校の異変を解決する真夜中探偵がいる」そして数日が経ち、双葉学園に異変が始まる。人が次々と消えるのだ。補習の残りで遅くなった俺は学校の廊下で異変に気が付く。俺を除いた全ての人が消えているのだ。混乱する俺は消失した世界で一人の少女と出会う。彼女の名前はカオリ。カオリは自らを「真夜中探偵」と名乗る。ここは裏世界と呼ばれる現実とは真逆の世界。人が消えた原因を調べていたらしい。そして俺に向かってこう言った。「あなたがこの世界にいる事は、あなたは選ばれたこと。真夜中探偵にね」それから俺は昼は高校生、夜は真夜中探偵として生活することになる。

一匹の竜により、世界が滅んだ。それから三百年、帝国軍の騎士団に所属するハイネは幼い頃から「竜の子」として罵られてきた。元騎士団長レイナードに剣の技術を学び、若くして騎士団の精鋭部隊「七人騎士隊」に所属する事となる。ある日、城の地下から不気味な鳴き声を聞き、確かめに行くとそこで一匹の竜と出会う。復讐の力を得るため、世界を滅ぼした竜と契約する。

新世代戦闘機計画「エピオン計画」の１号機、大気圏内での圧倒的な機動力を前提として開発された新世代試作戦闘機ＮＦ‐０１のテストパイロット「ダイゴ・マツイ」は過去に起こった事件がトラウマとなり、長く日本に帰っていなかった。幾つもの規則を破り、同僚の「レオン・Ｆ・ローライト」と共に謹慎処分を受けてしまう。クリスマスイブの夜、設計者の「アイナ・スタンフォード」は１週間後に東京で開かれる航空機展覧会の調整のため向かうが、同時刻ダイゴらの乗る原子力空母に謎の特殊部隊によって制圧されてしまう。

自分自身の記憶に疑いを持つ「私」は、自分と同じ悩みを持ち自殺した死体に共感を覚える。周辺を調べる内に「私」は自分自身の記憶だけではなく、自分自身の存在すら疑い始める。