『錬金術を行使するということは、己の命を犠牲にするのと同義だ。』世界を変革せしめた"賢者の石"が太平洋上に精製された大事件から５０年余り、世界は錬金術、通称《アルケミィ》の開発競争の最中にあった。時を同じくして、都立清真学園に設立された創術科の生徒会長に抜擢された天伽《まとぎ》凶治とその周囲が物語を織り成し、未来を紡ぐサイエンスとファンタジーの共演。