――ときに二〇九九年。 剣持飛鳥は東京都内の高校に通う二年生。 ちょっぴり、オタク気質だが容姿端麗の美少年。 文武両道で剣道では名が知れた『天才剣士』。 飛鳥は毎日、仲間たちと青春を謳歌していた。 ――しかし、そんな生活も巨大戦艦が日本の富士山に降りたったことで崩壊していく。 これをきっかけに飛鳥の運命は大きく変わり、地球と『銀河帝国メルディアス』の戦いが始まるのだった……。

――ときに二〇九九年。 銀河帝国メルディアスと地球との戦いに参戦していた宇宙海賊の真紅の緋音は、飛鳥が地球へと旅立つ瞬間を見届け、自分の星へと帰路に着くのだった。 ワープ航法中に緋音が搭乗しているグランドアース号は何者かに襲撃され、そのまま戦闘へと突入してしまう。 この出来事をきっかけに緋音は因縁のある相手と再会を果たす。 そして、自分の使命や出生の秘密を知ることになる。

――これは、ひとつの聖剣を巡る物語。 大好きな兄様亡きジェシカはいま、自分との運命に立ち向かうため剣を握り、 故郷を離れ旅立つ。