少年、浪川拓也は普通の人生をおくっていた。 毎日毎日変わらない、なにもない人生をおくっていた。でも、なにかが違う。なにか、拓也には足りないものがあるきがした

少女は気がつくと何もない白い空間が広がっている世界にいた。その世界は、少女がダウンロードしたアプリ【メイク・アプリ】の中だと知った少女はなんとかそこから脱出するために仲間の力を借りながらアプリ作りを始める。

少年、花巻　翔馬には八年前の記憶がない。 なぜ記憶が無いのかも、八年前に何があったのかもわからない。ただわかってることは自分がとある事件に関係してることだけ……。 しかし、その事件のこともまったくわからない翔馬は毎日あてもなく真実を探し求めていた。そんなある日、翔馬は幼馴染みである小鳥遊　筑紫に無理矢理行かされた来去探偵事務所で時をこえ、自分の目で真実を経験することになる。 八年前のことを知るべく、唯一の手がかりでもある『ナゾ』と一緒に過去へと旅立った翔馬。そこで経験する真実とは……？