長い旅を終え、ハヤトが故郷に戻ると、そこには変わってしまった人々の姿があった。 キトー・エンタープライズの秘密を知ってしまったハヤトは新技術の実験台にされ、意思を持つ衣服に寄生されてしまう。 裸族にハヤトは自分の存在の二面性と戦いながら、世界を救うため、ヒーロー「ネイキッド・タートル」として暗躍する――。