西暦2046年、現在この国［日本］では学校の制度が過去数十年間で大きく変化を遂げた。授業は、主に端末機器を使用した，サイバー・プログラム，といわれるものになった。［日本］の首都、東京では他の道府県よりもサイバー・プログラムが発達している事で有名である。そんな東京の中にある高等学校、都立堂能学園《とりつどうのうがくえん》。そこでは日本政府協力のもと、ある実験が行われようとしていた。2年3組の獅子岡 勇牙はその実験に巻き込まれてしまう。