追われる少女リィヤと、誰かの力になりたい少年イサガは出会う。 旅を始め、戦いを重ね、仲間を増やし、イサガとリィヤは互いの信頼を深めていく。 舞台は、荒れた大地と先進技術がはびこるレフェンガイヤと、緑と精霊に溢れるセーヴ・ルティアが繋がってしまった、元々二つだった世界。 リィヤの正体は。なぜ彼女は追われているのか。二つの世界を股にかけ、イサガは仲間たちと共に、果ての見えない闇へと身を投じる。

　名前と性格が、まるで正反対な双子の雨霧（うぎり）と晴天（てるま）。 　ある日、怪我と疲労の積み重ねにより入院生活を強いられることとなった雨霧は、叶うはずの無い願いを、ぼそりと弟に打ち明ける。 　もう一人の、自分がいれば良い。 　その、馬鹿げた兄の言葉を実現させる方法を、晴天は叩き出した。 　俺が、兄貴の代わりになればいい。 　突如として始まる、晴天の兄代（きょうだい）生活。 　揺れ動く兄と弟、また二人を取り巻く人々の青春を追いかける。 　あなたの隣にいる人は、本当に、あなたの知る人ですか？

一人の少女、十六夜はある夜、家の近所にある公園で「ツキ」と名乗る少年と出会う。その少年と話すたび、少年の言葉を聞くたびに、今まで仕舞い込んでいた何かが溢れてくるような感覚に陥っていく。蓋を閉じたはずの十六夜の思い出とは？　ツキの正体とは？　そんな、不思議なお話ーー。