遥かに進んだが、わずか数日で滅んでしまった文明。流砂となった大地。その上に作られた新たな大地。そこにそびえるのは古代文明が残した無数の都市。そして都市が同盟を結ぶことによって生まれた３つの国。対立する国々の目的。絡み合う人々の欲望。生まれた魔物。世界を襲う謎の生物。――生きることを諦めた少年と感情と記憶を無くした少女が、学園都市を舞台に世界の真の姿を知る。そして場所が変わり新たな命が紡がれることにより、一度止まった世界の針が――再び時を刻む。