西暦2XXX年。人類は遂に地球を飛び出し宇宙へと展開していった。その中の一団が発見した新たなる星グランディア。ここは地球と似た環境で、地球とは明らかに異なる星であった。グランディアに到達してから数百年、人間たちは意見の対立から争いを始めた。初めは小さな火種だったがそれは瞬く間に世界中に広がり世界を二分する戦争へと発展した。科学崇拝の国シグルドと自然調和の国レギン。少年ソラはひょんな事からこの二国の戦争に巻き込まれていくのだった……