2038年ーーー…。 アメリカで今期最大で尚且つ大規模な“人体改造強化実験”が行われた。 当時19歳だったアレン・ガーランドは、実験の適合者として実験に参加した。 だが、実験は儚く失敗に終わり、アレンは怪物へと突然変異してしまい、無意識に研究員達を殺していった。 アレンは怪物から人へと戻った後、部屋の奥にあった保存カプセルの中に入り死ぬことを望んだまま、眠りにつく。 2056年、無事高校を卒業し、街から少し離れた森に住む叔母の手伝いのに来ていたエレナ・アーチボルトは頼まれたお使いをすべく、街を目指していた。まだまだ好奇心が抜けないエレナは叔母の言い付けを守らず、廃墟となった研究所へと足を運んで行く。 そして、二人はアメリカ全土を巻き込む戦いへと進んで行くーーー…。