悪霊《ゴースト》と呼ばれる未知の精神体が発見され１０年。 その悪霊を狩るべく組織された『アマテラス』その実行部隊である『ヤタガラス』の隊長『日並=F=巽』は、ある助けた少女を守るべく、学園生活を余儀なくされる。