小学生の石沢ユウトが住んでいる阿加川市で、殺人事件が起きた。 その後、事件の犯人の特徴を知っていたクラスメイトの佐々木リナが、何者かに誘拐されてしまう。 殺人事件の犯人と誘拐事件の犯人が同一人物だと考えたユウトと、リナの弟であるソラは、二人で犯人を突きとめようとする。 この事件は、二十年以上前から始まっていた。 ユウトの過去と秘密、阿加川市の隠された歴史、登場人物それぞれの想いと過去が明らかになったとき、本当の事件の全貌が明らかになる。