一千年前、世界は神に見限られたことにより文明を奪われた。 そのとき、人々は残っていた文明を掛け合わせ、『機械魔術』を生み出し、神―――『悟神族』の力の大半を封印することに成功する。 それから一千年後―――――戦いの影響で原初の姿に戻ってしまった世界で、力を取り戻さんとする『悟神族』と、人類の戦士『禊人』との戦いが続いていた。

高校生、草薙達也のクラスに転校してきた少年、久我真司。彼は初対面の達也にいきなり友達になろうと言い寄る。そんな彼はある秘密を隠していた…。そして、そんな彼の秘密を達也が知ったとき、全ての物語は始まった。