時は、終焉戦争(第3・4次世界大戦)による世界崩情勢壊から400年が過ぎた時代。 　 　自らの身体を兵器に捧げ、戦の連鎖を生き抜く、そんな2人の少年少女がいた。 　狡猾冷酷な少年、ユウキ＝アラストル 心優しく慈悲深い少女、リリーナ＝フェルメール 　この2人が身体に宿した、ある科学破壊兵器の名は、 　《ギルソード》＿＿ 　極限の科学技術により生み出された、人体へ直接埋め込まれし、《異能力兵器》＿＿ 　亡き旧世紀の軍事科学者〔アルスダート＝ギルソード〕によって開発され、かつて戦争に満ちた世界を崩壊・終焉に追いやった『新科学兵器』である。 　極限のテクノロジーを駆使して開発されたそれは、【見た目は剣や銃といった既存の武器と変わらない】が、決定的に異なる点があった。 　1つ：その破壊力は異次元のそれ。 　 　過去に造られた全ての兵器を凌駕し、これまで実現不可能であった《特異能力》を有する。 　個体別によっては物理的法則をも無視・破壊する。 　2つ：人の目には見えない特殊粒子、《ナノマシン》とう形成され、使わなければ目に見えない。 　3つ：人体の『身体』に植えつけた兵器だ。【保管庫】にして宿り続け、生涯身体から離れない。 　入手した最後、生涯【生体兵器】となる。それが《ギルソード》の正体であり、それを宿す人間を、称して《ギルソード使い》と呼ばれていた。 　 　終焉戦争で世界が滅んでから400年＿＿ 　一度滅びた世界は、再び経済や科学の再生と共に、その繁栄を取り戻しつつあった。 　しかし、同時に人類は、再び自らの手で争いを繰り広げようとしていた。 　その戦乱に巻き込まれ、過去の傷を背負いながらも、真の世界平和の実現を望み、その為に生きるユウキとリリーナ＿＿ 　《ギルソード》を悪用・密造するテロ組織を相手に、2人は仲間達と共に壮絶な戦いに身を投じてゆく。