2024年のある日、平穏な人類の生活は仮面者(マスク)と呼ばれる生物の手により破壊された。 その出来事から2年後、仮面者の討伐する者達、抵抗者(レジスタンス)の育成学校の首席で日本抵抗者基地本部に配属された伏見美幸(ふしみ みゆき)は抵抗者として仮面者と戦うための「強化手術」をうけた後、少しずつ自分の身体に違和感を覚え始める…。