パンドラの箱が開け放たれて、既に何年もの年月が経っていた。当時、箱から飛び出した数々の邪心は長い時間を掛けて、幽霊(ゴースト)へと姿を変えていったのだった。幽霊は人々を襲い、数々の街を崩壊への危機へと陥れる。そんな幽霊達を箱へと戻すという使命が与えられた狩人(ハンター)。狩人が集められて造られた組織「ボックス」。彼らは毎日、数々の任務をこなしていた。 　そんな世界に住むレオン。彼は自分の記憶を失っており、自分の名前しか覚えていなかった。そんなレオンを保護したボックスは、彼を最年少狩人に仕立て上げる。 　レオンは幽霊の討伐、そして失った記憶を取り戻すため、数々の場所を訪れる任務へと旅立つのだが────!?