AAVSという魔動人型兵器が開発され、数十年が経過した。小国スウェーデンでは第三世代型AAVSが実践配備され、ハレケゲニア大陸連合軍の訓練校では第三世代型AAVS操縦者の育成が始まった。 件の訓練校に所属する訓練兵ステラはある日、とある英雄と出会う。そしてそれが彼女のすべてを変えた。

世界には沢山のモンスターが存在する。とくに人間に害をなすものが多く、古くから人々の悩みの種だった。そんなモンスターを狩る事が出来るのは、龍使いと騎士である。魔法という特異な能力を使って今日も彼らは戦う。　2年前、龍使い”柳田沙那慧”に誘われて坂上恵太は日本自衛隊龍騎士特務隊に入隊する。そして、5ヵ月後、エースの集まる世界騎士連合軍に出向した。そして一時の戦争は閉幕。その後1年程度をほぼ平和に暮らした彼らにあらたな敵が現れた。

空の騎士団-スカイ・ナイトーズ-。 入手困難とまで言われるほど、ゲーマーの中で注目を浴びているそのゲームをたまたま始めた吉田光輝と桜台雪音はプレイ中にある異常に気付く。 それは”ログアウト”が出来ない、ウィンドウモードに切り替えることが出来ない、というものだった。

時間調律師。それは時間の歪みを引き起こす”オーパーツ”を狩るものの事を言う。ある日、エリックは時間調律師になる為、女王アルフィミィの元へと出向く。そして、時間調律師になる為に提示された条件。「私の妹、ステラを探して欲しい」エリックは女王の妹を探して同じく時間調律師のミレイユ・ヴァーチェと旅を始めた。