日本の自動車メーカーのカリフォルニア支店の社長に就任するためやってきた島谷一家。しかしこの赴任には一人息子の雄治の抱えた事情があるようだ。一方雄治の転校先の高校では、世話役に選ばれたメサージェが、日本という国の不思議さに驚いていた。極端に暴力を嫌う雄治だったが、実は特殊な能力があり、町の人間は彼をサムライと呼んだ。偏見や悪意と戦う境遇にある雄治とメサージェ。二人は日々の戦いの中で心を通じ合わせていく。しかしメサージェは雄治の最も嫌うある物事に深く関わっていたのだった。

定時制夜間部教師、春菜は、１２年前爆発事件にまきこまれた。その時助けてくれたクラスメート、コガタリを探していたが見つけられない。ところが、クラスに自分と同じ年の青年「古語（コガタリ）」が入学してくる。彼はあのコガタリなのか。そして可愛がっていた野良猫が、春菜に言った。「おまえのせいで地球はおしまいだ」春菜は地球に来ていたすべての宇宙人から命をねらわれる存在になったのだ。

宇宙時代、地球からの移民星の一つ、惑星ホワイツの為政者（治星官という）の娘マリアは、義務として地球に１年間の留学にやってきた。一つの大きな秘密を抱えて。秘密とは、父親である現在の治星官が、すでに死んでいるということだった。自分が２０歳になるまでにこの秘密が知られれば、ホワイツは地球から新しい残忍な治星官を送られてしまう。秘密を守り抜きたいマリアだったが、地球政府から護衛としてユージーという得体の知れない兵士をつけられてしまう。そして、知り合った惑星クレムゾンの治星官の息子はマリアに奇妙なことを言った。「魔物のデモノバイツに会わせてください」マリアは驚いた。「この宇宙時代に魔物って何なの？」

江戸時代。勢力のある外様の古賀藩は、次の藩主江知馬の正室として、望まない譜代の姫君、雪姫を幕府からおしつけられた。雪姫排除派と受容派に真っ二つに分かれる古賀藩。雪姫には護衛という名の見張り、御庭之者のお頭の息子、カズマがつけられた。しかしこのカズマは雪姫との剣術の稽古で六年間一度も勝ったことの無い腰抜けだった。城の中で孤立を深める雪姫とカズマ。二人の間には敵でありながらも言葉にできないつながりが生まれていた。ところがカズマは実は、藩の機密を守る為、幕府からの隠密を殺し続け「鬼」と呼ばれる忍者だった。