高校生の神座タツキは、ある日覚えのない少女の声を聴くとともに気を失う。しばらくして目覚めた彼の前に、荒廃した大地と黒衣を纏った少女が現れた。戸惑うタツキに向けて、少女はこう告げる。「ここはあなたの知らない世界」だと。その意味をタツキはすぐに知ることになる。平穏な現世には存在しない、身体の一部が金属に変異する奇病と、人を襲う金属の体を持った「機人」に出会うことで。そして彼の体にもある変化がゆっくりと訪れていた。