王歴198年。王都アインツの内乱をきっかけとして勃発した大戦は、九年の時を経て王都アインツの崩壊と言う形で一応の終結を迎えた。アルテイル国立魔法使養成学校の学生シュミラ・メルキオットは、大戦の引き金となったと言われる首都アルストロメリア崩壊の犯人である自らの父、ジルギア・アランドナウを探しに弟のレグナと旅に出る。旅の途中、謎の少女シェラと彼女を追っていた黒い戦士と出会った時、運命の歯車はゆっくりと動き始めるのだった。

浅海宗一郎は４３歳。どこにでもいる冴えない会社員。役職は無い。妻は早くに他界して今は高校生の娘と二人暮らし。平凡過ぎる彼の生活はある夏の日を境に激変した。東京にいたはずの彼の身体は目が覚めたら埼玉の山の中にあった。何故か服はボロボロで持っていたはずの荷物は何も無い。それどころか記憶も無い。混乱する彼の手の中には一つの石があった。『戦空の魂』と対なすもう一つのCrystalline-Cellの物語。魔法使の力を得たサラリーマンと喋る石の奇妙な生活が始まる。

　王歴185年。王都アインツ首都アルストロメリアの王立魔法使学園は突如謎の男の襲撃を受けた。圧倒的な力を持つ侵入者に対し学園の魔法使は次々に倒されていく。そんな絶望的な状況の中、燃え盛る学園の中で立ち上がる者がいた。学園始まって以来の天才と言われるシルフィー・ノーマ・サラムディーネは学園の仲間と幼馴染みのベルトラル・リシェールを守る為、不可解な術を使う強大な敵に立ち向かう。事件は大きな波紋となり、やがて首都アルストロメリアを巻き込む大規模な破壊へと繋がっていった。誰もがそれぞれの守りたい者の為に戦った。そして魔法使学園始まって以来の落ちこぼれ、ベルトラル・リシェールも立ち上がる。世界で一番守りたい人を殺す為に。これは身体の一部が結晶化した『Crystalline-Cell』の力を操る、魔法使達の物語。