B.Cの発見から２年。急変した世界は動き続ける。人類機械化政策を執行しようと科学殺戮兵器ZEROを使用し世界を支配しようとするM-F-C。 それを阻止しようとする、超人たちにより編成されたプレゼンス部隊。 思いもよらない結果で、自分が入団し世界のために命を張る少年達の戦いが今始まる！