無駄に剣の術技を習得している早瀬真司。 姉の推薦により、高校へ進学することが出来たのだが、いざ学校へ来てみるとあちらこちらから水やら炎やら雷やらがぶっ放されていた。 「なんじゃこりゃ～！」 幼馴染である麻奈に聞いたら、 「こういう学校なんだけど、知らないで来たの！？」 そんな学校ってあるの！ わけもわからず学校生活を送っていたらなんか因縁はつけられるわ、生徒会に勧誘されるわでてんやわんや。 一体全体どうすればいいんだよ、助けてじっちゃん！

町のはずれでひっそりと営む魔法店。 辺りは木々が多くほんとに知る人ぞ知る場所であった。 そこの主人、シンキ。彼はすごい魔法使いだったようで？ さらに客ではないがよく来る顔見知りについていくとなぜか学校に行くことに！？ 魔法ファンタジーの世界・・・始まる。

主人公早瀬真司は姉の薦めにより更科高等学校へと入ることになった。 だが、早瀬は何も知らずに入ってしまったため、普通の学校と思っていたその学校はなんと、いろんな能力が交錯するとんでもない学校であった。 そんな中、説明をしてもらい早瀬はわけもわからないまま腕輪をもらい能力を発動するも片眼鏡（モノクル）のみ みんなは何かしらの武器なのに！？ 早瀬は異能だらけの学校でどうやって学校生活を送るのか！ 学園異能物語はじまります。