派遣宮司を父に持つ須佐良和は、高校に入ってから関東の某所・明神地区の氏社で生活していた。その神社の元々の系譜である十利上水貴、高校１年の頃からの親友・諏訪隆史とありふれた学校生活を送ってる。だがある日、突然６限目の授業が中止になってしまう。 一方、良和が通う明神高校の近くにある自衛隊基地では、異様な光景が広がっていた。日本にはない「大佐」という階級を持つ盲目の男が率いる部隊は、普通の自衛隊とは異なる様相。 彼らは、「神殺し」と呼ばれる、神を殺すために存在する軍隊だった。日本列島を襲う自然災害。それらは「疫鬼」と呼ばれる疫病神が関係しており、彼らはそれを討伐するために組織された。彼らは日本最古の疫鬼「八岐大蛇」を追い、この地までやってきたのだ。ただそれは、殺すためではなく、利用するためにーー。 神と人と、それぞれの思いが交錯する物語、第一章。