野球が廃れはじめた頃、高校野球界に光がさした。 天才神率いるgenius9と呼ばれる世代が高校生になり高校野球はさらに熱く燃えるのであった。 主人公、怪童 剛毅は甲子園に行くと誓い一人京都の高校へと進学を決めたのであった。