LS暦46年。太陽消滅から50年近く経過している世界で人類は生存していた。擬似太陽障壁≪ヨルムンガンド≫を纏った地球の中で、しかし人類は愛してやまない戦争を繰り広げている。政府軍対反乱軍という使い古された構図は、5年前「ヴァルハラ戦役」と呼ばれる大戦で大打撃を受けたことにより停滞していた。しかし、再軍備を終えた両軍は再び衝突しようとしていた。
世界が赤く染まる時、一機の死神が目を覚ます。大戦で失われた力を統べ、戦場に君臨せし黒き神。そこへ祈りは届くのか。
時を同じくして、民間人の少年エヴァンは政府軍人の少女に出会う。エヴァンが少女の携えた力ーー新型機動兵器に手を伸ばす時、運命の歯車が回りだす。
少年が剣を握る時、黒き終焉が訪れる。
神が死んだ世界で人は何に祈るのか。