2100年、ある二人の科学者によって脳に眠っていた能力を引き出す方法を発見したのだ。「儀式」と呼ばれる方法を使うことで16歳以上は「覚醒者」になることができた。 それから、10年後主人公井村佑真は「盾」を使う覚醒者として高校に通っていた。 さらに、3年前に助けてくれた東由紀が所属する「国家公安委員会覚醒者対策課」で働くことになる。 ある日、失踪した少女の行方がわかり、その場所へ行くのだが・・・。