「そっか、ボク、死んじゃってたんだ」 　本来なら死んでいるはずの少女、明が自分の墓の前で涙を流した。――初代の因子と呼ばれる物を持っている者たちは、強く願う事でその願いを叶える力を得た。その願いによって蘇り、皮肉な事に永遠と日常の続く世界に閉じ込められてしまった。だが、その願いを願った子供達、燐や優人の犠牲により出口を見つけた明は世界から脱出し、燐の残した言葉を頼りに、自分達を救ってくれる、 天使と呼ばれている少女を探し始める。そして、世界に疑問を持ち始めた時、明はようやくセナという希望と出会う。

「あれはなんだ？」 そう、全ては空飛ぶ掃除機から始まった。空から虹色の雷が、生き物、物質関係なく落ちて来たのだ。その雷のせいで全世界の人口の約十分の三が死亡し、生き残った者には、ある特殊な力が宿った。しかし、それは人間だけでは無かった。その雷を浴びた物は動きだし、人を襲うようになったのだ。雷に打たれ、生き残った田中燈駆は喪失の異能を手に入れた。そして、燈駆は、同じく生き残った幼馴染、寺沢可望と、チームメートの凛条麗華と共に、戦う事を決意する。