潜空士の青年、ダンは久しぶりの休暇に故郷へと帰ってきた。 しかし、その日の夜に異変は起こる。 空から流れる無数の黒い流れ星。そこから生み出さられる黒い怪物によって人々は蹂躙され、街は壊されていく。 ダンは幼馴染の少女ティオを連れて別大陸へと逃れることを決意をするが……

　魔物が蔓延り、ドラゴンが支配する。そんな世界で人類に残された最後の地「テウルギア」 　冒険者と魔術師が集うこの街に新たな冒険者が一人。 　少年の名前はリアム・バージェス。 　テウルギア唯一の冒険者育成学校クーヴレールを首席で卒業した彼。しかし、そんな彼に貼られたレッテルは「スーパールーキー」や「期待の新人」等ではなく、同期に魔術師がいないが故の「大凶作の八十期生」 　世間から真っ当な評価を得ることなく、ただ恩人との再会を果たすため、リアムは力を求める。 　彼は一体なにかを手に入れられるのか、そして、なにかを失うことになるのか。 「あなたと私が目指す先にあるのは同じもの」

全てが青に包まれつつあるこの世界。人の為に造られ、人の為に尽くす人形は、最後になにを紡ぐのか。

　家族を亡くし、友を亡くし、故郷を亡くした青年——テッド・ブランデルは、死に場所探しの放浪の果てに彼は黒い壁に囲まれた城郭都市に辿り着く。 　そこは、無数の機械が蔓延る無人の街——パライゾ。 　機械達は何が目的なのか、この街に何があったのか、この街に何があるのか。 　テッドは、機械たちと共に無人の街を生きる中でその真実を知って行く。 　そして、その先にある結末とは。

西暦2016年。 世界は唐突に崩壊を始めた。 割れる大地に落ちる空。そして、世界の裂け目より現れた境界を貫く謎の生物『ペネトレーター』。 彼らは一体なにを目的としているのか、世界の境界を次々と破壊していく。 それから15年経った現在。 境壊対策機関“フラグメント,,の第47番支部のメンバーである少女『クレハ』は現在、ペネトレーターを殲滅するあらゆる任務を遂行している。 ペネトレーターの軍勢に対し、たった一人で戦い続けるその姿から、人は彼女を『独断戦争』と呼んだ。