サブカルチャー好きの平凡な大学生、一ッ葉真治はある日出掛けた先で不幸な事故に遭ってしまいその拍子で異世界に転移してしまった。 そこで彼はとある人物に拾われその弟子となることに。 数年後、師匠と別れ仲間と共に旅をしていると旅先で妙な火災の話を耳にする。 好奇心で現場に向かってみると、そこで一人の少女と出会う。 その少女は真治の居た世界で有名なあの聖女だった。 彼はその少女を仲間に入れてある目的を開始するのだった。

　1000年前の地球を襲った未曽有の大災害”崩界（ほうかい）” 　その後、人類は”オーパーツ”という新資源、”アニマ”というエネルギーを手にし瞬く間に復興を遂げた。同時に謎の生物”狭間獣（レギオン）”の出現が相次ぎ人類は”オーパーツ”を扱う”アカデミー”を創立。そこに雇われた”狭間獣狩り（アライアンス）”黒月蓮人は世界を駆け回りあるものを探していた。 　己の大切なあるものを。