これは、現実と夢の中で、数奇な出来事を辿る少女の物語。

これは、とある日常の断片を切り取った物語

不慮の事故により記憶を失った中学生の少女、倉岡咲子。苦悩しながらも、平穏な日々を過ごしたのも束の間。咲子の住む街に、突如として現れたモンスターによって、全ては非日常と化した…。 そんな時咲子は、自身の記憶とモンスターの出現には、幼い頃大好きだったとあるオルゴールが関わっていると知る。記憶を取り戻すため、元の日常を取り戻すため、咲子は２丁拳銃を手に戦う事を決意する…。

遠い未来。荒廃した地球で、人間たちは生きるために、地下シェルターへと移住する。 しかし１０年後、人間は奇怪な姿となって地上へと這い上がって来る。 当時、地上にいたアンドロイドとクローンたちは彼らとの戦いを決意し、「アーク」と呼ばれる組織を建てる。 これは、「アーク」に所属するアンドロイドの少年トワと、その仲間達の物語。

ある夜に見た不思議な夢…。その成り行きゆえに異世界の住人を名乗る、「クロノス」と出会った中学生「刹那」は、町で起こっているとある事件が「魔法」によるものだと知り、幼馴染の「愛来」と共に調べ始めるが…。

とある科学者のメッセージ

時計塔のまだ幼い管理人が語るのは、時計塔の力。そして、自らの過去…。