剣道部２年の飯田晴彦は、放課後ふと足を向けた美術室で、クラスメイトの美少女宮口久美子と出会う。彼女は表向きは普通の人間だが、実は、類い稀なサイキック能力者であり、謎の時空テロ組織「クロノス」と戦う国際平和組織「ψ（サイ）」の戦士だったのだ。やがて、平凡な生活を送っていた晴彦も、クロノスとの熾烈な戦いの渦に巻き込まれていく・・平和だった学園都市に今まで経験したことのない未曾有の危機が迫る！！