『学校に潜入し、内部から学校を格付けする』という目的で文部科学省私学部に新設される特務調査室の特命審査官に、高校生が任命された。 任命されたのは、天才高校生の神保秀。 だがしかし、特命審査官に任命された高校生は神保秀1人ではなかった。 コンビを組むこととなった同じく新米特命審査官の宮坂友紀と共に、秀は今日も学校審査を行うのだった。

難関私立高校に通うエリート学生の篠原深斗は、幼馴染の種樫雪の父種樫寛二から『今度開講する予備校で、講師として働いてみないか？』と誘われ、予備校講師として中学生の高校受験をサポートすることとなる。 『深斗を誘った理由は、人員が足りないからだ』という寛二の発言に疑問を抱いていた深斗だったが、その疑問はすぐに解決されることとなる。 その予備校は、『勉強に対して興味を示すことができないオタク』を対象に『オタクの楽しめる授業』をコンセプトとした一風変わった予備校だったのだ。