両親は有名な犯罪者、自分は異形の力を持つ怪物。それらが原因で幼い頃からイジメや軽蔑を受けてきた超能力者・神宮優太。16歳の誕生日を迎えた優太は、世界政府によって、未成年超能力者が通う学校「アカデミア」に強制的に入学させられる。 そこで優太は、肉体的にも精神的にも強くなっていく。