あるとき偶然日本でしか採掘されたない鉱石がみつかりそれにより世界は第三次世界大戦へと突入した。しかし、原因となった日本であったが劣勢であった。負けそうになった日本は仕方なく、日本列島の三分の二くらいの地下都市を作り、そこに全日本国民が移住することとなった。そして数年がたち、地下での生活に限界を感じて地上に行くと放射能と汚染させた土地と謎の生物がいる危険な場所になっていた。なのでもう一度地下に戻り、また数年後、地上を浄化するための作戦が行われた。そんな作戦に参加する少年少女のお話である。