別次元地球による侵略から２５年。圧倒的科学力を擁する侵略者の前に抵抗する間もなく支配下に置かれた現代地球人は激情を胸に、密かに地下組織を編成し反撃の機会をうかがっていた。 　別次元地球の侵略反対派科学者団体によって実施された「県境封鎖機構」により日本は４７つに分割され統治されることとなる。そんな世界で、侵略後に生まれた「俺」は集落弾圧の折に自分とよく似た侵略者に出会い、国の命運を左右する存在へ……