時は2067年。場所は太平洋のど真ん中、赤道直下にある直径100kmの人工島。ここは「STEC【ステック】(Scientific Technology Experiment City)」と呼ばれる科学技術実験都市だ。中央には「CONNECT【コネクト】」と呼ばれる宇宙エレベーターがある。このSTECには世界中から集められた10万人もの研究者が世界の科学技術の発展を目指して研究をしている。その中の第247研究棟107号室に化口洋樹【かぐち　ひろき】、里然レナ【りねん　れな】、涼気学【りょうき　まなぶ】の三人の研究者がいる。 「あれ?なんだろう??」 　ある日、涼気は一枚の計画書を拾う。 「あいつ、誰だ?」 　化口は第247研究棟で全く見覚えの無い人物とすれ違う。 「…丸いわね」 　里然はパイプの表面を見ながら言う。 　この一連の出来事が、STECの運命を揺るがす、一つの大事件に繋がっていく。

　忘れられたものの楽園「幻想郷」。二人が初めて「幻想郷」に入ってから10日程たった2015年2月6日。ちょっとした疑問から、再び「幻想郷」に行くことになった。しかし、ふとしたことで500年前の「幻想郷」に辿り着いてしまい、さらに「幻想郷」の運命を揺るがす、重大な事件に巻き込まれてしまう。はたして二人は「幻想郷」の未来を守り、無事に2015年の世界に戻ることができるのだろうか。