幼い頃に人攫いに遭った少女リシェル。とある戦士によって助けられ異国の教会に引き取られるも、故郷と其処に残した唯一の肉親である祖母への思いは日に日に強くなっていく。十七歳となったリシェルは故郷へと帰るため、教会の神父から授かった聖なる神の宿る剣を携えて旅に出る。

百年に一度、神が現れ、一人の人間の願いを命と引き換えに叶える。ガーティは願いを持っていないが、何かを成したい思いだけで神のいる谷を目指す。賊に襲われていた所を助けてくれた、天恵の印という特別な力を持つサナを説得して護衛にし、神の待つ地を目指す。

平穏で安寧な日々は、前触れもなく静かに変容していった。謎の物質“悪意”によって人々の理性が密かに壊されていく。ある事をきっかけに特殊な力に目覚めた高校生、長永頼人と幼馴染みの獅子川花凛は悪意を根絶するために人知れず戦う。しかし、戦うのは悪意だけではない。頼人たちと同じく力に目覚めた者や、“妖怪”と呼ばれる存在、そして悪意の裏に潜む者……２人の前には多くの敵が立ち塞がる。いくつもの困難を乗り越え、２人は少しずつ成長していく。

商家の子として生まれた兄のアリルと妹のマーニ。マーニは体が弱く、外へ出ることを許されていなかったが、自分の知らない世界を見たいという思いが強く、ある日、魔女が潜む森へ行ってしまう。そこで「血の魔女」と呼ばれる魔女と出会い、２人の運命は大きく狂っていく。

ＹＤブレーンという人物が、たった一つの下らないものに研究所を滅茶苦茶にされる話です。