惑星クオンに落着した隕石群から発生した金属生命体“メテオラ”ーーーー惑星クオンの生物進化をなぞるように急激に模倣進化を果たし、爆発的に増殖。一方、メテオラが飛来する以前からこの惑星に存在する金属生命体“リディウス”ーーーリディウスから採れる各種鉱石を利用し、リディウスの技術革新と共に古くから共存して来た人類はメテオラの大襲来によって文明の瓦解を迎えた。 　それから１０７年――――防壁都市国家アタランテの壁外にある、対メテオラ狩人（ハンター）ギルド組織が軒を連ねる巨大スラム街に、イシガミ・スイは幼い頃出会ったヒノモト・ハル、クニサキ・ヨシノと三人で暮らしていた。 　スイは、かつて三人で所属していたこの街の№２ハンターギルド組織“Ｇ・Ｏ・Ｃ（ギャング・オブ・カーニバル）”の依頼を受け、Ｇ・Ｏ・Ｃ第参部隊隊員と共にハンティングへ向かう。一方その頃ヨシノは自身が料理人として雇われているクジラ亭で働き始め、ハルは自らが制作した監視カメラ一式を、ブラック・スカッダ―というギャング組織にスイと共に納入する事を憂鬱に思いながら、三人の隠れ家で過ごしていた。 　暑い日差しが徐々に強まる中いつもの日常が始まろうとしていたが、それはこの街の№１ギルド組織“ギルガメシュ”と謎の勢力の暗躍、“ヒューマノイド”と呼ばれるメテオラの最高進化形態の出現、そして―――それぞれの新たな出会いによって、三人の運命は風雲急を告げる事態と化す。

『終わる…―――今日で私の命は、くしゃくしゃに丸まった紙屑の様に、風に飛ばされ消えていく――――…』 　身に覚えのない罪により、クラスメイトからいじめを受け追い詰められ疲れ果てた楠森薫は、ビルの屋上から身を投げるため柵の外に立っていた。 　覚悟を決め身を投げたその時、地面が大きく波打ち路面に追突するはずだった薫の体は地下に水没する。どこまでも落ちていく事に恐怖を感じた時、下方に光が見えそれは大きくなっていった。 　膜を突き抜ける感覚を覚えた時、下方にとてつもなく巨大な異形の“胎児”が見えてくる。目を閉じて眠る灰緑色の胎児の威容の傍を降下しながらこのまま眠っていてくれと薫が願ったその時、胎児の一つ目がうっすらと開きーーー中の四つの瞳孔がバラバラに蠢いて薫を凝視する。 　異音に気付くと、下方から胎児の何本も枝分かれした指が薫に迫ってくる。自身の顔に触れる胎児の感触にゾッとした時、薫の頭の中に何人もの赤ん坊の声を重ねた様な異様な笑い声が響く。 　指が薫の口の中へ入ろうとしたその時、轟音と共に薫の体は強烈な力で胎児から引き離され下方へと降下した。 　同時につんざいた胎児の絶叫が遠くなり、恐る恐る自分を抱えた正体を見て薫は驚愕する。 　灰紫色の装甲に全身を覆ったーーー体長数メートルの人型の異形が自分を抱え、はるか遠くに見える地上に向け高スピードで落下していたのだ。 　その事実に慌てふためく薫に異形が声を発した時、薫は信じられない思いで異形を振り返った。 　五〇〇年に一度起こる異界“ヒラニヤ・ガルバヤーツ”との融合ーーーー選定者（ブハヴァ・アグラ）となりヒラニヤ・ガルバヤーツの神に次の世界を願うーーーー薫の世界の人間のほとんどが屍鬼（ヴェーダラ）と化し魔神や魔族、魔獣や精霊などが闊歩する異界で、自らの生に絶望し終わらせようとした楠森薫は数多の出会いと別れを経験し、過酷な試練に苛まれつつ自らの生を問われる。

“君を招待するよ。僕の創出したー――…君の魂を捕らえる、ゲージプラネットへ” 　満島和晴、鷲見透子、林真理、高荒紫苑は四月下旬の麗らかな日、校門までの下り坂を和気あいあいと下校していた。すると突然男の声が響き渡り辺りは漆黒に閉ざされる。和晴達は宇宙空間に放り込まれたと同時に宇宙空間を超高速で移動し、見知らぬ銀河系へとたどり着くとその銀河に向かい吸い込まれーーーやがて目の前に出現した未知の惑星へとバラバラになりながら墜落していく。 　たどり着いたのは天空にいくつも島が浮く、地球とは全く違う惑星だった。お互いバラバラな場所に不時着した一行は、約３００年前、かつて存在した古代セフィラ文明の星系をも巻き込んだ大異変に、訳も分からないまま巻き込まれていく。 　謎の鳥の巣頭の男―――蛇と融合したような巨大な異形の女―――言葉を話す獣人ーーー左腕に浮き上がる光の装飾文様―――悪魔を模したような姿の異形の人々ーーー妖しく嗤う死神の様な謎の男ーーー―… 　巻き込まれたのは和晴一行に止まらず、７つの惑星の檻に閉じ込められた少女達は自らの生還を賭け一人きりのまま、古代セフィラ文明の宿業とそれぞれ遭遇することとなる。

　５８年前、突如として襲来した高位次元生命体“イドラ”。 　ありとあらゆる“生物・物”に憑依し、科学技術文明を破綻に追い込んだイドラに対抗した唯一の存在“サマナー”達は、人類の盾となる国際機関“ロンギヌス”を設立する。 　イドラ発生後誕生した、イドラ接触後に新たな能力を覚醒させた魔人“アバドン”を組織に迎え、やがてロンギヌスは強大な権力を持つ巨大組織へと発展した。 そして現在ーーー二つの大陸の間の海に浮かぶ島国“ヤマト”。 　その首都タマユラで梵駒子（そよぎこまこ）は、ロンギヌス機関ヤマト支部でイドラハンターとして海岸沿いの集落からのイドラ討伐の依頼を遂行するため、イドラを討伐する。 　喜ばれるどころか住民から石を投げられ罵倒される駒子。しょげながら帰還するも、上司である不知火局長は駒子の苦情をあえなくスルーする。 　家に帰り、仲魔であるウィランジュ達と毎日わいわい過ごす日常はこのまま続くと思っていた―――だが玉の緒タワーで起こったテロを契機に、駒子と家族の日常は一転する。 【シルヴィア編】 　銀色の髪に銀の瞳の女“シルヴィア”。 　かつて“エピファネス”と自らを名乗る獣頭の人型イドラにより、人体実験の被検体として過酷な過去を持つシルヴィア。その過去の復讐のためにエピファネスの情報を集めるが、集まるのは関係のないカルトや犯罪組織の情報だった。 　そして今回も関係がないと思われるイドラを崇拝するカルト教団を調べるため、シルヴィアは単身カルト教団のコロニーへと出向く。 【リオ編】 　 　９歳の頃の体験により、特殊な能力を覚醒した千月・リオ＝ブレイディ。 　それから自身の能力を用いて犯罪まがいに加担する日々を送っていたが、とうとうロンギヌスから目を付けられる事態に。 　リオが小さな頃から幼馴染として慕って来た、現在はロックバンドＤ・Ｏ・Ｄ（ Ｄａｎｃｅ Ｏｆ Ｄｅａｔｈ ）のメンバーであるロイド・ヴェインとの再会を機に、ある目的をもってロンギヌスに所属する事となる。