舞台は日本。ある日、主人公雨宮龍一郎の眼が特別な眼に変わる。その瞬間から主人公の日常は一変し、目の前に使徒と呼ばれる怪物が現れ、自分を殺しその“眼”を奪おうとして来る。使徒に強大な一撃を見舞われ、瀕死の主人公の前に1人の男が現れる。その男は大剣を持ち、使徒に対する知識を持っていた。使徒へのその男の一撃で使徒は一旦倒されたかに見えたが、使徒は変身し新たな姿となって甦る。男が使徒を倒す必殺技を使うためには、使徒の動きを止める必要があった。自分の命やその男の命を守るため、異世界にて契約を結び、主人公は眼を覚醒させ、主人公は現実へと帰還する。その後、主人公は使徒に対して使徒の動きを止める能力を使い、男の必殺技で使徒が消滅する。次に主人公が目覚めたのは自宅のベッドの中だった。

ある日突然地球が終わるという知らせが届く。 主人公は地球の終わりを受け入れ、普段やらずに後悔していることを実行する決意をする。