今日も、誰にも気づかれることなく、この暗闇の中で生きている。

どこにでもいるような普通の高校生【天城シン】 彼は、生まれたときからこの世界に不満と違和感を抱いていた。 過去の記憶が自分のものでないような感覚と、誰かに運命を操られているという不快な感覚に悩まされてきた彼は、ある日【ゆん】という不思議な少女に出会い、自分が生きている世界がある組織に創られた世界だということを知ることになる。 自分という存在が、まるで人形のように弄ばれていることに気付いた彼は、組織を見つけ出しすべてから開放されることを決意する。