戦争は終わった。しかし、平和はいまだ訪れない。 暴走を続ける古代兵器に対抗するべく、人類は発掘技術を導入したパワードスーツ『ＯＲＢＳ』を開発。次世代戦力の養成のために各地に訓練校を作り、軍事学を中心とした教育カリキュラムを導入した。 今日も英雄にあこがれ、ひとりの少年が統京(とうきょう)の街に降り立つ。平凡な日々が始まるはずだった。だが、過去からの刺客は、そんな彼にも襲い掛かろうとしていた――

世界政府の管理する「全領域支配戦闘機(RDF)」によって空が奪われて10年。 焼け落ちた防護ドームで、元パイロットの「ランザ」は破損したレプリカのRDF”プローム”を発見する。無人のコクピット内には、RDFを一網打尽にできる衛星兵器の起動装置が収められていた。 個人的な興味からRDFを修理するランザ。機体のインターフェースを調べるうちに、この機体が本来の「正式採用型」だったこと、今の空は第三者の作った「コピー」によって支配されていることを知る。 修理が完了し、RDFを起動するランザ。作戦を阻止しようと襲い掛かる「コピー」たち。 空を取り戻すための孤独な戦いが今、始まる。

「八戸イオ」は新聞部の女子高校生。「軍人ゾンビ」の噂を確かめるために廃工場を訪れたとき、彼女は「怪獣」に襲われる。危機に陥った彼女を助けたのは、ぼろぼろのロボットに乗ったサイボーグ「シュウゴ」だった。 怪獣を倒した瞬間、世界の壁が崩れ、半壊した宇宙戦艦がイオの眼前に現れる。 イオの生きてきた世界は、放棄された特務戦闘艦「クツナギXXVI」の居住区だった。資源を狙う各惑星の政府から、シュウゴはひとりで20年間、世界を守ってきたのだ。 あと１年で母星からの回収班が来ることを聞き、イオは戦いに加わることを決意する。