西暦2030年から2040年の10年間に人類は新たな科学的発見をし、特に黎明期では主に物理学での新たな発見が多かったため、人々は物理のルネサンス期とその時代を呼んだ。 　しかし、それを皮切りに世界中で謎の大規模な宗教関連の事件が勃発。危機感を抱いた宗教界は、奇跡を発現させる力を持つ聖粒子の使い手―聖者を掻き集め、宗教連盟を設立。 　その連盟に所属する聖者の一人であり、物理学者でもある湯川聖は、事件を解決していくうちに、この一連の騒動の真相を知る事となる…