他殺による死亡者数の多さから危険度Aに指定された隔離都市。殺人が日常と化したこの都市では、警察に代わって政府直属の殺し屋が取り締まり、および処罰を下していた。そんな都市で暮らす九条玉紀は、容姿、頭脳、運動神経、全てが凡人以下の中学生。高校受験を間近に控えたある日、九条は父から殺し屋の家系である事を告げられる。それと同時に渡される見知らぬ合格通知。そして、一本の葱。これは一人の少年が一本の葱で殺し屋になるまでの物語である。