管理システムが全てを支配する近未来、東京の地下都市で白野譲葉（しらのゆずは）はトラブルシューターとして虚ろな日常を送っていた。ある日彼女の事務所に、差出人不明の一通の手紙が送られてくる。そこには知ってはいけないはずの管理システムに関する全ての情報が書かれていた・・・。時を同じくして死亡する次期システム管理者候補。空席となった管理者の座を狙い、譲葉は行動を開始する。