人間が三次元的世界から二次元的な世界へと移住し長い時間が経過した。世界はより複雑に構築されるようになり、何重層もの次元が存在する。もともとの世界とは大きくは変わらないが、世界を維持するためには拡張と廃絶を続ける必要があった。その機能を持った人間(インターフェイス)は日々この世界の改変を行いながら、外世界の襲撃との戦いに明け暮れていた。 あるひインターフェイスである夢野ハルトは一人の少女とであう。バグもしくはエージェントと呼ばれる少女ミサキ。彼女との出会いがハルトを世界の根源へと向かわせるようになる。

カフカ魔法学校に通うケイレンバーグ・ジジェクは授業中に、王都の襲撃を目撃する。王都は敵国の巨大な魔法によって崩壊し、魔法学校も被害にあう。その被害により幼馴染を失ったケンは他の生徒の救出活動中に禁書と呼ばれるものを手に入れるが、（序章　完） 禁書の魔法により過去に転生したケンは幼馴染の死を変えようと奮闘していく。