国会が10年前に突如行った法改正。その内容は全国の中学校で卒業時に成績が最下位だった生徒を国立機関高等学校、通称『学園』と呼ばれる高校に強制的に入学させて勉学を励ませる、というものだった。しかしその実態は教職員が全員過去に問題行動を起こしていたり、廃校を改装しないまま使用されるなど劣悪な環境なため全く勉学に励める状態ではなかった。そんな『学園』に、入学してきた令柊雅《れいしゅうみや》は、入学式後に行われた生徒会決めに参加し、落選する。だがそこで出会った生徒たちに『裏・生徒会』に入るよう促され、『学園』本来の姿を知ることになる。『裏・生徒会』に関わることで、多くの任務をこなすことになった彼女は生徒会の目的、また自分に課せられた使命に気付き始める。果たして『学園』とはなんなのか？また彼女の使命を達成することが出来るのか――？